En dehors du mode de calcul des rémunérations dues, le contrat prévoit également les modalités de versement des commissions et les conditions d’acceptation de l’affilié.

Les modalités de versement des sommes dues
Les deux modalités principales du versement sont la périodicité du paiement et le seuil minimum de déclenchement de l’opération. Le paiement s’effectue généralement trimestriellement ou plus rarement mensuellement.

En fait, pour la plus grande partie des affiliés, la périodicité de versement est surtout due à l’atteinte d’un seuil minimum de commissions dues pour qu’un paiement soit déclenché. Ce seuil minimum, précisé par le contrat, permet à l’affilieur de réduire les coûts administratifs liés au paiement de nombreux chèques de très faibles montants.

Cette disposition est particulièrement importante à prévoir dans le cadre des programmes d’affiliation peu sélectifs qui comprennent un grand nombre d’affiliés. Lorsque le seuil est relativement élevé, il faut souvent plusieurs trimestres, voire quelques années pour qu’un affilié peu actif touche ses premières commissions.
L’existence d’un seuil de paiement présente un autre avantage, il permet de fidéliser les affiliés bénéficiaires d’un encours de commissions dues.
Les seuils de paiement contractuels sont généralement compris entre 25 et 50 €.

Le paiement s’effectue après une facturation de l’affilié qui est effectuée à la réception d’un appel à facture émis par l’affilieur. Le délais de règlement de cette facture est normalement fixé par le contrat à 30 ou 60 jours.

Les conditions contractuelles d’acceptation de l’affilié
Les conditions d’acceptation de l’affilié peuvent être relative au statut ou à la nature du site candidat.

Le statut de l’affilié
En l’absence de jurisprudence, le statut de l’affilié est encore flou et relève pour l’instant essentiellement de la doctrine juridique. Par le contrat, certains programme acceptent tous les affiliés (personnes morales et physiques), certains n’acceptent par précaution que les personnes morales ou les personnes physiques immatriculées au RCS, alors que d’autres acceptent les personnes physiques non commerçantes sous conditions qu’elles s’engagent sur le fait d’avoir accompli certaines démarches administratives auprès du registre du commerce, du fisc ou des régimes de protection sociale des indépendants.
Les associations sont généralement acceptées sous réserve de fournir leur numéro d’enregistrement préfectoral.

L’acceptation basée sur la nature du site
La majorité des contrats prévoit pour l’affilieur la possibilité de refuser les candidatures des sites intégrant des images ou textes à caractère violent, pornographique, religieux ou raciste, faisant la promotion de toutes activités illégales ou non conformes aux règles et lois en vigueur.
Il est également possible pour éviter toute confusion ou actions de parasitisme commercial, de refuser les sites incluant dans leur nom de domaine ou appellation le nom de l’affilieur ou des variations orthographiques ou phoniques proches.

Certains affilieurs précisent par ailleurs dans le contrat qu’ils se réservent le droit de refuser toute adhésion d’un affilié qui ne leur semblerait pas conforme à l’esprit du partenariat ou en contravention avec leur propre intérêt de site de vente de produits, sans avoir à justifier de quelque manière que ce soit les modalités de ce refus. La pratique pourrait peut être être considérée comme abusive, car source potentielle de discrimination commerciale.